Od 1 lutego 2026 roku Krajowy System e-Faktur jest obowiązkowy dla największych podatników, a od 1 kwietnia 2026 roku obejmie pozostałych przedsiębiorców. Dla rolników – zarówno czynnych podatników VAT, jak i rolników ryczałtowych – wprowadzenie KSeF oznacza nowe obowiązki oraz specjalne rozwiązania uwzględniające specyfikę sektora.

W porównaniu do ogólnych zasad fakturowania, rola rolnika w KSeF zależy przede wszystkim od statusu podatkowego i posiadania numeru identyfikacji podatkowej. Rolnicy ryczałtowi będący osobami fizycznymi otrzymali liczne udogodnienia, pozostając poza pełnym obowiązkiem systemowym, natomiast rolnicy będący czynnymi podatnikami VAT podlegają takim samym zasadom jak inni przedsiębiorcy, z uwzględnieniem specyficznych dla rolnictwa procedur. Poniższa analiza wyjaśnia obowiązki, prawa, procedury techniczne oraz praktyczne aspekty wdrożenia KSeF w gospodarstwach rolnych.

Krajowy System e-Faktur – geneza, cel i fundamentalne zasady działania

Krajowy System e-Faktur to jedna z największych cyfrowych transformacji w polskim systemie podatkowym ostatniej dekady. System został zaprojektowany przez Ministerstwo Finansów w celu automatyzacji procesów księgowania i obiegu dokumentów, ograniczenia pomyłek wynikających z ręcznego przepisywania danych oraz usprawnienia kontroli skarbowej i wykrywania nadużyć podatkowych. Fundamentalnym założeniem KSeF jest zmiana faktury z papieru lub PDF na ustrukturyzowany zestaw danych w formacie XML, przekazywany bezpośrednio do centralnej bazy państwa.

Wdrożenie KSeF zapewnia również bezpieczną, dziesięcioletnią archiwizację faktur w centralnej bazie, co eliminuje konieczność przechowywania dokumentów w segregatorach i chroni przed ich utratą. Każda faktura wystawiona w KSeF otrzymuje unikalny numer KSeF, co umożliwia jednoznaczną identyfikację dokumentu. Po nadaniu numeru KSeF treść faktury nie może być edytowana ani anulowana – błędy koryguje się wyłącznie poprzez wystawienie faktury korygującej.

System działa w oparciu o hierarchiczne uprawnienia – podatnik jako właściciel konta nadaje role innym osobom (pracownikom, księgowym, biurom rachunkowym), decydując, czy dana osoba może wystawiać faktury, odbierać je, czy tylko przeglądać. Dla rolników, którzy korzystają z prostszych narzędzi, przewidziano także dostęp poprzez e-mikrofirmę w e-Urzędzie Skarbowym, umożliwiający powiązanie konta z KSeF i automatyczne przenoszenie danych do ewidencji VAT.

Etapowe wdrożenie KSeF – harmonogram obowiązków dla rolników i przedsiębiorców

Od 1 lutego 2026 roku obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych dotyczy podatników, których sprzedaż brutto fakturowana w 2024 roku przekroczyła 200 mln zł. Do tej grupy należą również największe podmioty rolne.

Od 1 kwietnia 2026 roku obowiązek KSeF obejmie wszystkie podmioty, których miesięczna wartość sprzedaży dokumentowanej fakturami przekroczy 10 000 zł. Trzeci etap, od 1 stycznia 2027 roku, obejmie najmniejszych podatników, których miesięczne obroty nie przekraczają 10 000 zł brutto.

Poniższa tabela podsumowuje kluczowe terminy i progi objęcia obowiązkiem KSeF:

Odbieranie faktur przez KSeF jest obowiązkowe od 1 lutego 2026 roku dla wszystkich podatników VAT, niezależnie od wielkości obrotów. Rolnicy ryczałtowi posiadający NIP już od lutego 2026 roku muszą być gotowi odbierać e-faktury (np. za energię, nawozy, paliwo) poprzez KSeF.

Rolnicy będący czynnymi podatnikami VAT – pełna integracja z systemem KSeF

Rolnicy prowadzący działalność gospodarczą i zarejestrowani jako czynni podatnicy VAT podlegają analogicznym obowiązkom jak inni przedsiębiorcy. Od 1 kwietnia 2026 roku (lub od 1 lutego 2026 roku przy obrocie powyżej 200 mln zł w 2024 roku) muszą wystawiać wszystkie faktury sprzedażowe wyłącznie w KSeF.

Proces wygląda następująco: dokument jest przygotowywany w Aplikacji Podatnika KSeF lub w zintegrowanym systemie FK i przesyłany do centralnej bazy. Datą wystawienia faktury ustrukturyzowanej jest chwila jej przesłania do KSeF i nadania numeru KSeF (a nie moment utworzenia pliku lokalnie). Datą otrzymania przez nabywcę jest data udostępnienia w KSeF, niezależnie od chwili faktycznego pobrania. Techniczne przyjęcie pliku potwierdza komunikat UPO.

W KSeF dostępne są dwa tryby pracy. Tryb online – faktury są wystawiane w czasie rzeczywistym i natychmiast otrzymują numer KSeF. Tryb offline – stosowany w razie braku dostępu do internetu lub awarii; faktury wystawione lokalnie należy przesłać do KSeF najpóźniej w następnym dniu roboczym.

Dla trybu offline przewidziano specjalne procedury z kodami QR. Przed wysyłką do KSeF faktura może być opatrzona kodem QR „OFFLINE” (weryfikacja danych dokumentu) oraz kodem QR „CERTYFIKAT” (weryfikacja tożsamości wystawcy), generowanym przy użyciu certyfikatu KSeF. Po przesłaniu dokument otrzymuje standardowy numer KSeF oraz kod QR z tym numerem.

Rolnicy ryczałtowi – specjalne reguły i uproszczenia w KSeF

Rolnicy ryczałtowi, tj. dostarczający produkty rolne lub świadczący usługi rolnicze w ramach zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT (z wyjątkiem zobowiązanych do prowadzenia ksiąg rachunkowych), otrzymali szczególne traktowanie. Zostali wyłączeni z pełnego obowiązku wystawiania faktur w KSeF, co stanowi kompromis między cyfryzacją a realnymi możliwościami mniejszych gospodarstw.

Rolnik ryczałtowy, który nie prowadzi działalności jako czynny podatnik VAT, nie ma obowiązku wystawiania faktur w KSeF. Jeśli jednak prowadzi równolegle inną działalność jako czynny podatnik VAT, stosuje KSeF wyłącznie w zakresie tej działalności opodatkowanej, natomiast sprzedaż w ramach statusu VAT RR pozostaje poza obowiązkowym KSeF.

Jeśli rolnik ryczałtowy nie posiada NIP (ma wyłącznie PESEL), jego pozycja w KSeF jest uproszczona: faktury zakupowe nie będą automatycznie trafiać do KSeF. Sprzedawca (podatnik VAT) dostarczy fakturę w uzgodnionej formie (papierowej, PDF itd.). Takie dokumenty powinny zawierać kod QR lub link do weryfikacji w trybie anonimowym w KSeF, bez konieczności logowania.

Kod QR na fakturze dla rolnika bez NIP umożliwia szybkie potwierdzenie autentyczności dokumentu po zeskanowaniu smartfonem, co pozwala korzystać z weryfikacji w systemie bez bezpośredniej obsługi portalu KSeF.

Faktury VAT RR w systemie KSeF – dobrowolne wystawianie z pewnymi warunkami

Faktury VAT RR dokumentują nabycie produktów rolnych od rolników ryczałtowych; wystawia je nabywca (czynny podatnik VAT), a dokument stanowi podstawę do zryczałtowanego zwrotu VAT (7% ceny netto). Od 1 kwietnia 2026 roku możliwe jest wystawianie faktur VAT RR i VAT RR KOREKTA w KSeF, ale nie jest to obowiązkowe.

Decyzję o stosowaniu KSeF dla VAT RR podejmuje wyłącznie rolnik ryczałtowy (dostawca). Rolnik z NIP loguje się do KSeF i wskazuje konkretnego nabywcę jako uprawnionego do wystawiania w jego imieniu faktur VAT RR i VAT RR KOREKTA w KSeF; jednocześnie składa oświadczenie o posiadaniu statusu rolnika ryczałtowego.

Po nadaniu uprawnienia nabywca ma obowiązek wystawiać wszystkie VAT RR dla tego rolnika wyłącznie w KSeF, aż do odwołania zgody. Nie można mieszać form (część w KSeF, część poza systemem). Każda korekta dokumentu wystawionego w KSeF również musi być wystawiona w KSeF.

Aby udzielić takiego uprawnienia, rolnik ryczałtowy musi posiadać NIP oraz możliwość uwierzytelnienia (profil zaufany, podpis kwalifikowany, pieczęć kwalifikowana, token lub certyfikat KSeF). Brak NIP wyklucza korzystanie z KSeF dla VAT RR – wówczas stosuje się wyłącznie dokumenty poza systemem.

Po uwierzytelnieniu w KSeF rolnik otrzymuje uprawnienia właścicielskie, które pozwalają nadawać dostęp innym osobom (np. księgowemu, pracownikowi biura rachunkowego) i zarządzać nimi. W VAT RR wystawianych w KSeF wymagane są identyfikatory podatkowe (NIP) zarówno dostawcy (rolnika), jak i nabywcy.

Procedury techniczne dostępu do KSeF dla rolników

Dla rolników będących osobami fizycznymi możliwe jest bezpośrednie logowanie na stronie: https://ksef.mf.gov.pl/web/login – z użyciem profilu zaufanego lub podpisu kwalifikowanego.

W podmiotach o bardziej sformalizowanej strukturze (np. spółkach) można złożyć w urzędzie skarbowym formularz ZAW-FA (zawiadomienie o wskazaniu osób uprawnionych do wystawiania, odbierania i przechowywania e-faktur). Poniżej znajdują się akceptowane kanały złożenia ZAW-FA:

• osobiście w urzędzie skarbowym,
• pocztą (najlepiej za potwierdzeniem odbioru),
• przez ePUAP,
• jako załącznik do pisma ogólnego w e-Urzędzie Skarbowym.

Po złożeniu ZAW-FA urząd przetwarza zgłoszenie i przesyła potwierdzenie do wskazanego administratora oraz na adres podmiotu; zwykle trwa to 2–4 tygodnie. Następnie administrator może logować się do KSeF i rozpocząć obsługę dokumentów.

Metody uwierzytelniania, które umożliwiają logowanie i podpis w KSeF, to:

• profil zaufany,
• podpis kwalifikowany,
• pieczęć kwalifikowana,
• token KSeF,
• certyfikat KSeF.

Profil zaufany stanowi najprostszy i bezpłatny sposób logowania do KSeF; można go założyć online, korzystając z bankowości elektronicznej lub przez Elektroniczną Platformę Usług Administracji Publicznej (ePUAP). Podpis kwalifikowany i certyfikat KSeF zapewniają dodatkowe możliwości, w tym w trybie offline.

Odbieranie faktur VAT RR i procedury samofakturowania

Niezależnie od posiadania NIP rolnicy ryczałtowi otrzymują VAT RR od nabywców. W przypadku dokumentów poza KSeF procedura pozostaje bez zmian (papier/PDF). Jeśli VAT RR wystawiono w KSeF, rolnik z NIP może wyświetlić dokument po zalogowaniu; rolnik bez NIP otrzymuje wizualizację (wydruk lub PDF) z kodem QR do weryfikacji w KSeF.

W przypadku VAT RR w KSeF datą otrzymania jest data nadania numeru KSeF, a nie fizyczne doręczenie. Ma to znaczenie dla rozliczeń podatkowych i terminów obowiązków.

Samofakturowanie polega na wystawieniu faktury przez nabywcę zamiast sprzedawcy. W KSeF, po udzieleniu uprawnienia, nabywca wystawia VAT RR w imieniu rolnika ryczałtowego. Odpowiedzialność za poprawność danych co do zasady ponosi dostawca (rolnik), który w razie błędów dokonuje korekt i ponosi konsekwencje podatkowe.

Korzyści i wyzwania implementacji KSeF dla gospodarstw rolnych

Najważniejsze korzyści z wdrożenia KSeF dla rolników to:

• Szybsze zwroty VAT – standardowy termin 60 dni ma zostać skrócony do 40 dni, co poprawia płynność finansową gospodarstw;
• Archiwizacja przez 10 lat – bezpieczne przechowywanie w centralnej bazie ogranicza koszty i ryzyka związane z dokumentami papierowymi;
• Automatyzacja księgowości – dane z KSeF można importować bezpośrednio do systemów FK, co redukuje błędy i oszczędza czas.

Główne wyzwania, na które warto się przygotować, obejmują:

• infrastrukturę – stabilny internet, odpowiednie urządzenia i kompatybilne oprogramowanie;
• kompetencje – szkolenia z obsługi KSeF, nadawania uprawnień i pracy w trybach awaryjnych;
• procedury operacyjne – jasny podział ról, ścieżki akceptacji i plan B na wypadek awarii.

Ministerstwo Finansów wspiera wdrożenie poprzez bezpłatne szkolenia (m.in. „Środy z KSeF”), Aplikację Podatnika KSeF i e-mikrofirmę.

Okres przejściowy i sankcje za nieprzestrzeganie obowiązków KSeF

Do końca 2026 roku nie będą nakładane kary pieniężne za błędy w wystawianiu faktur w KSeF – to czas na spokojną adaptację do nowych zasad.

Od 1 stycznia 2027 roku zaczną obowiązywać kary. Najważniejsze sankcje przewidziane w przepisach to:

• wystawienie faktury poza KSeF mimo obowiązku – kara do 100% wartości VAT wykazanego na fakturze,
• faktura poza KSeF niezgodna ze wzorem lub brak terminowego przesłania – kara do 100% kwoty VAT lub do 18,7% wartości brutto (gdy dokument nie zawiera VAT),
• nieterminowe dosyłanie dokumentów w trybie offline – sankcje administracyjne zgodnie z ustawą,
• odpowiedzialność karna skarbowa – co do zasady za czyny umyślne; niedbalstwo może skutkować grzywną, ale nie karą pozbawienia wolności.

Dla rolników kluczowe jest właściwe zorganizowanie procesu wystawiania i odbierania faktur, przeszkolenie pracowników oraz bieżące śledzenie komunikatów Ministerstwa Finansów.

Praktyczne przygotowanie się rolników do wdrożenia KSeF

Poniższe kroki pomogą wdrożyć KSeF w gospodarstwie sprawnie i bez przestojów:

1. Sprawdź identyfikację podatkową – upewnij się, że gospodarstwo posiada NIP i profil zaufany (założysz go bezpłatnie m.in. przez bankowość elektroniczną).
2. Ustal model pracy – wybierz Aplikację Podatnika KSeF, system FK z integracją API lub pełną obsługę przez biuro rachunkowe (z nadaniem odpowiednich uprawnień).
3. Przetestuj środowisko – skorzystaj z wersji demonstracyjnej KSeF (ksef.podatki.gov.pl), aby bez ryzyka przećwiczyć wystawianie i odbiór dokumentów.
4. Przygotuj procedury awaryjne – opisz tryb offline, brak internetu i awarie, z harmonogramem przesyłania dokumentów „następnego dnia roboczego”.
5. Przeszkol zespół – opracuj instrukcje wewnętrzne, politykę nadawania/weryfikacji uprawnień i plan cyklicznych kontroli.

Zagraniczni kontrahenci i specjalne procedury w KSeF

KSeF stosuje się do transakcji, dla których miejsce świadczenia/dostawy ustalane jest według polskich przepisów VAT. Faktury dla klientów zagranicznych (spoza UE lub w ramach transakcji unijnych) mogą podlegać odmiennym zasadom, w tym procedurom szczególnym OSS lub IOSS. W przypadku wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów należy zweryfikować aktualne regulacje VAT i wynikające z nich obowiązki fakturowe w KSeF.

Dla sprzedaży na terenie UE zastosowanie mogą mieć procedury szczególne (np. OSS), co może wpływać na sposób fakturowania. Warto skonsultować się z doradcą podatkowym lub księgowym, aby prawidłowo stosować KSeF w transakcjach międzynarodowych.