Krajowy System e-Faktur to fundamentalna zmiana w dokumentowaniu transakcji w Polsce. Od 1 lutego 2026 roku duże przedsiębiorstwa musiały przystąpić do systemu, a od 1 kwietnia 2026 roku obowiązek rozszerzył się na pozostałe podmioty. Rok 2026 to okres przejściowy bez kar finansowych, natomiast pełna architektura sankcji zacznie obowiązywać od 1 stycznia 2027 roku. Artykuł omawia kary za brak KSeF, sankcje za błędy w fakturowaniu oraz odpowiedzialność karno-skarbową, wraz z praktycznymi wskazówkami zarządzania ryzykiem i zgodności.

Prawna i instytucjonalna architektura Krajowego Systemu e-Faktur

KSeF funkcjonuje na fundamentach unijnego i krajowego prawa podatkowego. Zgoda Rady UE (decyzja wykonawcza Rady (UE) 2022/1003 z 17 czerwca 2022 roku) upoważniła Polskę do wdrożenia szczególnego środka stanowiącego odstępstwo od harmonizowanych przepisów. Podstawą prawną krajową jest ustawa z 16 czerwca 2023 roku o zmianie ustawy o VAT oraz innych ustaw, która określa harmonogram obowiązkowego e-fakturowania. System regulowany jest przez art. 106ga–106nh oraz art. 106ni ustawy o VAT, definiujące procedury wystawiania, warunki przesyłania i sankcje za naruszenia.

Instytucjonalnie KSeF administrowany jest przez Ministerstwo Finansów, a egzekucję przepisów i nakładanie kar prowadzą organy KAS. Naczelnik urzędu skarbowego wydaje decyzje administracyjne o karach pieniężnych wobec podatników naruszających obowiązki. Do 31 grudnia 2026 roku organy skarbowe nie nakładają kar finansowych za naruszenia procedury KSeF – to czas na dostosowanie się przedsiębiorców.

Harmonogram wdrażania KSeF i okresy przejściowe

Dla przejrzystości kluczowe daty i grupy podatników przedstawiamy w formie tabeli:

Okresy przejściowe obejmują również szczególne regulacje dla trybów: offline, w przypadku niedostępności systemu oraz trybu awaryjnego, z możliwością dosłania faktur w ściśle określonych terminach po przywróceniu działania systemu.

Administracyjne kary pieniężne od 1 stycznia 2027 roku – art. 106ni ustawy o VAT

Od 1 stycznia 2027 roku obowiązuje art. 106ni ustawy o VAT precyzujący sankcje za naruszenia procedury KSeF. Zgodnie z art. 106ni ust. 1, naczelnik urzędu skarbowego może nałożyć karę pieniężną w wysokości do 100% podatku VAT wykazanego na fakturze wystawionej poza KSeF, a w przypadku faktury bez wykazanego VAT – do 18,7% kwoty należności ogółem.

Najczęstsze naruszenia podlegające karom administracyjnym obejmują:

• wystawienie faktury poza KSeF – gdy fakturę wystawiono papierowo, e-mailem (PDF) lub w innej formie zamiast w KSeF, mimo obowiązku;
• wystawienie faktury niezgodnej ze wzorem – m.in. brak obowiązkowych pól, błędna struktura XML, nieprawidłowe dane w trybie offline/awaryjnym;
• nieterminowe przesłanie faktury do KSeF – po ustaniu awarii, niedostępności lub w trybie awaryjnym przekroczono ustawowe terminy.

Terminy przekazania faktur po awarii i w trybach szczególnych należy bezwzględnie kontrolować:

• tryb offline (gdy podatnik wystawia poza systemem) – niezwłocznie, nie później niż w następnym dniu roboczym po dniu wystawienia;
• okres ogłoszonej niedostępności KSeF – najpóźniej w następnym dniu roboczym po zakończeniu niedostępności;
• tryb awaryjny (awaria ogłoszona przez MF) – w terminie 7 dni roboczych od dnia wskazanego w komunikacie o zakończeniu awarii.

Decyzję o karze trzeba opłacić w ciągu 14 dni od doręczenia – bez wezwania. Wyłączono stosowanie art. 21a Prawa przedsiębiorców (brak uprzedniego sprzeciwu i procedury naprawczej), a także wyłączono możliwość czynnego żalu.

Odpowiedzialność karno-skarbowa za naruszenia fakturowania – kodeks karny skarbowy

Niezależnie od kar administracyjnych, naruszenia mogą rodzić odpowiedzialność na podstawie Kodeksu karnego skarbowego, w szczególności art. 62 KKS, który obejmuje kluczowe kategorie czynów związanych z fakturowaniem.

Pierwsza kategoria (art. 62 § 1 KKS) dotyczy niewystawienia faktury wbrew obowiązkowi, wadliwego jej wystawienia lub odmowy wydania. Grozi kara grzywny do 180 stawek dziennych. W 2026 r. minimalna stawka dzienna wynosi 160,20 zł, a maksymalna 64 080 zł; grzywna może sięgać odpowiednio od 1 602 zł do 11 534 400 zł.

Druga kategoria (art. 62 § 2 KKS) to wystawienie faktury nierzetelnej lub posługiwanie się taką fakturą – np. na towary lub kwoty niezgodne z rzeczywistością. Sankcja: grzywna do 720 stawek dziennych, kara pozbawienia wolności nie krótsza niż rok, albo obie kary łącznie.

Trzecia kategoria (art. 62 § 2a KKS) dotyczy czynów z § 2, gdy kwota podatku z faktury (lub suma kwot) jest małej wartości – sankcje jak w § 2.

Odpowiedzialność na podstawie KKS wymaga działania umyślnego – w zamiarze bezpośrednim lub ewentualnym. Niezawiniony błąd lub pomyłka wyłącza odpowiedzialność karną (por. SA Katowice, 5.04.2018).

Kwalifikacja karno-prawna a kodeks karny – art. 271a, 277a k.k.

W szczególnie poważnych przypadkach (fikcyjne generowanie obowiązku podatkowego, zorganizowane oszustwa) zastosowanie mogą znaleźć przepisy kodeksu karnego, m.in. art. 271a (posługiwanie się nierzetelną fakturą w celu uniknięcia/obniżenia podatku) oraz art. 277a (uchylanie się od podatku z wykorzystaniem fikcyjnych transakcji). Kary mogą sięgać nawet 25 lat pozbawienia wolności.

Rozgraniczenie między art. 62 § 2 KKS (godzenie w obowiązek podatkowy) a art. 271 § 1 k.k. (pozorowanie powstania obowiązku podatkowego) jest kluczowe dla wyboru właściwego reżimu odpowiedzialności.

Odpowiedzialność w okresie przejściowym – od 1 lutego do 31 grudnia 2026 roku

Choć 2026 r. to okres bez kar administracyjnych z art. 106ni VAT, odpowiedzialność karno-skarbowa co do zasady pozostaje możliwa. Od 1 lutego 2026 r., zgodnie z art. 106ni ust. 4 VAT, nie wszczyna się postępowań KKS za ściśle określone naruszenia proceduralne KSeF (brak e-faktury, spóźnione dosłanie offline, niezgodność ze wzorem w okresie awarii). Wyłączenie dotyczy wyłącznie tych przypadków.

Aktualne pozostają sankcje KKS za nierzetelność i wadliwość faktur oraz inne naruszenia materialne. Mogą być też nakładane kary za błędy w JPK_VAT (500 zł za każdy błąd) i za naruszenia MPP.

Taryfikator kar pieniężnych – wysokości sankcji w praktyce

Przed nałożeniem kar warto zapamiętać podstawowe reguły wynikające z art. 106ni ust. 1 VAT:

• faktura z VAT – maksymalnie do 100% wykazanego podatku;
• faktura bez VAT – maksymalnie do 18,7% należności ogółem;
• kara dotyczy każdej faktury osobno – możliwe kumulacje wielu decyzji.

Przykład 1: spółka wystawiła poza KSeF fakturę na 50 000 zł netto z VAT 11 500 zł – kara do 11 500 zł. 10 takich faktur to potencjalnie 115 000 zł.

Przykład 2: podatnik zwolniony z VAT wystawił poza KSeF fakturę na 100 000 zł – kara do 18 700 zł (18,7%). 5 takich faktur to do 93 500 zł.

Przykład 3: faktura w trybie awaryjnym nie została dosłana do KSeF w 7 dni – przy 20 000 zł netto i 4 600 zł VAT kara może sięgnąć 4 600 zł.

Decyzja płatna w ciągu 14 dni od doręczenia; minimalna kara wynosi 1 000 zł (zależnie od okoliczności i wagi naruszenia).

Brak możliwości korekty i brak czynnego żalu – bezalternacyjność sankcji

Artykuł 106ni ust. 5 VAT wyłącza stosowanie art. 21a Prawa przedsiębiorców – nie ma etapu sprzeciwu ani procedury naprawczej przed nałożeniem kary. Organ może nałożyć karę bez uprzedniego wezwania do usunięcia naruszeń.

Ponadto wyłączono instytucję czynnego żalu. Dobrowolne zgłoszenie naruszenia nie złagodzi konsekwencji.

Zasady odpowiedzialności – kto odpowiada za naruszenia

Odpowiedzialność zasadniczo ponosi podatnik – właściciel lub reprezentant firmy. To on odpowiada za przygotowanie organizacji, wdrożenie procedur i zgodność działań, niezależnie od powierzenia zadań pracownikom, biurom rachunkowym czy dostawcom oprogramowania.

Błędy nieświadome nie zwalniają z odpowiedzialności administracyjnej. Art. 106ni ust. 2 VAT wyłącza natomiast karę administracyjną wobec osoby fizycznej, która za ten sam czyn ponosi już odpowiedzialność KKS.

W spółkach: osoba fizyczna (np. członek zarządu, pracownik) może odpowiadać karnoskarbowo za konkretny czyn, a spółka – administracyjnie na podstawie art. 106ni. Zarząd odpowiada za należyty nadzór, procedury i szkolenia.

Odpowiedzialność kierownicza i procedury wewnętrzne – zarządzanie ryzykiem

Aby ograniczyć ryzyko sankcji, wdrożenie KSeF powinno oprzeć się na jasnych rolach, kontrolach i dokumentacji. Priorytetowe działania to:

• powołanie zespołu projektowego z liderem odpowiedzialnym za wdrożenie,
• udokumentowanie i wdrożenie procedur obiegu faktur (online, offline, awaria),
• precyzyjna macierz ról i uprawnień w KSeF oraz kontrola dostępu,
• regularny audyt uprawnień i przegląd logów zdarzeń,
• cykliczne szkolenia dla osób wystawiających/odbierających faktury,
• procedury reagowania na nieprawidłowości (ścieżki eskalacji, terminy, dokumentowanie),
• umowy z biurem rachunkowym i dostawcami oprogramowania z jasnym podziałem odpowiedzialności i SLA,
• testy i monitoring integracji oraz bezpieczeństwa danych.

Ryzyka podatkowe związane z nierzetelnym fakturowaniem – prawo do odliczenia VAT

Prawo do odliczenia (art. 86 i 88 VAT) wymaga związku zakupu z czynnościami opodatkowanymi, realności zdarzenia i kompletności danych na fakturze. Nabywca otrzymujący fakturę poza KSeF – nawet przy realnej transakcji – może spodziewać się pytań organu podczas kontroli.

Ryzyko rośnie przy błędach: nieprawidłowy NIP, błędy arytmetyczne, brakujące dane. Istotny błąd może skutkować zakwestionowaniem odliczenia i koniecznością korekty. Od 1 stycznia 2027 r. podejście organów do dokumentów poza KSeF będzie bardziej restrykcyjne – warto wdrożyć weryfikację uprawnień sprzedawcy do wystawiania takich faktur.

Pułapki systemu – puste faktury, błędy arytmetyczne i formalne

KSeF waliduje technicznie strukturę XML, ale nie bada realności transakcji – stąd podatność na błędy materialne:

• puste faktury – dokumenty bez rzeczywistego zdarzenia gospodarczego; grozi odpowiedzialność z art. 62 § 2 KKS (do 720 stawek dziennych i/lub pozbawienie wolności nie krótsze niż rok);
• błędy arytmetyczne – system nie przelicza podatku; korekta wymaga faktury korygującej, a celowe zaniżenia mogą prowadzić do odpowiedzialności karnej;
• błędny NIP nabywcy – KSeF nie weryfikuje numeru; błąd może przekreślić odliczenie u nabywcy i skutkować sankcjami.

Błędy w ewidencji JPK_VAT i konsekwencje – 500 złotych za błąd

Od 1 lutego 2026 roku za każdy błąd w JPK_VAT grozi kara do 500 zł. Przy setkach linii ewidencji potencjalne sumy mogą być znaczące. Najczęstsze błędy to:

• nieprawidłowe oznaczenia (np. OFF, BFK, DI),
• brak lub błędny numer KSeF i/lub data jego nadania,
• rozbieżności dat wystawienia/otrzymania,
• błędy wyliczeń netto/VAT/brutto,
• nieprecyzyjny opis towaru/usługi.

W okresie przejściowym do 31 grudnia 2026 r. kary za naruszenia proceduralne KSeF są zawieszone, ale kary za błędy w JPK_VAT mogą być nakładane od 1 lutego 2026 r. Niezbędne są instrukcje przenoszenia danych z KSeF do JPK_VAT i regularne audyty.

Sankcje dodatkowe – mechanizm podzielonej płatności i inne

Artykuł 108a VAT nakłada obowiązek split payment dla transakcji > 15 000 zł obejmujących towary z załącznika nr 15. Brak adnotacji „mechanizm podzielonej płatności” lub brak zastosowania MPP przez nabywcę może skutkować dodatkowym zobowiązaniem VAT w wysokości 30% kwoty podatku.

Wystawienie faktury do paragonu bez NIP nabywcy grozi dodatkowym zobowiązaniem w wysokości 100% podatku. Sankcje te są niezależne od okresu przejściowego KSeF.

Praktyczne rekomendacje – jak się przygotować

Aby skutecznie ograniczyć ryzyko kar za brak KSeF i błędy w fakturowaniu, wdrożenie warto oprzeć na poniższych działaniach:

• zapewnienie integracji systemu finansowo‑księgowego z KSeF lub przygotowanie procedur manualnej obsługi narzędzi MF,
• audyt obecnych procesów fakturowania i identyfikacja ryzyk (szkolenia, weryfikacja danych, automatyczne sprawdzanie NIP),
• aktualizacja umów z kontrahentami (wyłączność KSeF od wskazanej daty, zasady obiegu dokumentów),
• wdrożenie procedur dla trybów offline/awaryjnego (formaty, odpowiedzialności, twarde terminy dosłania),
• opracowanie ścieżek szybkiej korekty błędów (kto naprawia, informuje kontrahenta, jak księgować korekty),
• monitoring błędów w JPK_VAT (oznaczenia, numery KSeF, spójność dat i kwot),
• zawarcie umów z biurem rachunkowym/dostawcą oprogramowania obejmujących integrację i monitoring zgodności,
• rozważenie ubezpieczenia OC na wypadek ryzyk podatkowych i kosztów sankcji.

Wnioski – perspektywa i znaczenie wczesnego wdrożenia

Od 1 stycznia 2027 roku system kar będzie działał w pełni – za każdą fakturę poza KSeF możliwa jest kara do 100% VAT z tej faktury. Odpowiedzialność karno-skarbowa za nierzetelność i wadliwość faktur obowiązuje także w 2026 r., a od 2027 r. dojdą surowe kary administracyjne.

Równolegle nadchodzi pakiet ViDA – e-fakturowanie w standardzie UE dla transakcji wewnątrzunijnych od 2030 r., a docelowo także krajowych (od 2035 r.). Polska infrastruktura KSeF będzie musiała być kompatybilna, co oznacza dalsze dostosowania. Firmy, które potraktują KSeF jako impuls do uporządkowania procesów, zyskają przewagę i ograniczą ryzyko wysokich sankcji.